Tout d’abord voici une brève énumération des allèles responsables de la couleur de la robe d’un chinchilla :

• Allèle de base, existant dans la nature : Gris standard = "S"
• Allèles codominants n’existant qu’à l’état hétérozygote : Velvet = "TOV" et White whilson= "W" (voir l'explication du gène létal)
• Allèles codominants existant aussi sous forme homozygote : Beige = "B"
• Allèles codominants cumulatifs : ebony= "E", curl ="C", angora= 'RPA' (Royal Persian Angora)
• Allèles récessifs ne s'exprimant qu'à l’état homozygote (pouvant alors être combinés à d'autres allèles codominants) : violet = "v"/ saphir= "s"/ deutch violet = "dv" / white récessif Lowe (appelé aussi Goldbar) = 'wl'

L’allèle responsable de la longueur du poil chez le chinchilla angora ainsi que le gène curl semblent se comporter de la même manière que pour l’ebony.

Quelques mots d'explication à propos de certains termes utilisés en génétique :

• Homozygote : un gène est dit homozygote lorsqu’il possède deux allèles identiques. Les "v" et "s",… Les couleurs dites récessives n’existent que sous cette forme. Cet état existe aussi pour le "B" (beige homozygote) et pour le "E", ce dernier étant alors uniformément noir).
• Hétérozygote : un gène est dit hétérozygote lorsqu’il ne possède pas deux allèles identiques.
• Allèle : un gène (qui donne une caractéristique quelconque à un animal) se compose de deux allèles, l’un provenant du père et l’autre de la mère. C’est la combinaison de ces deux allèles qui constitue donc le gène qui dans ce cas-ci sera responsable de la couleur de la fourrure du chinchilla ou de sa longueur ou de sa frisure.
• Allèle dominant : un allèle dominant est un allèle qui prend le dessus sur toutes les autres même à l'état hétérozygote, cas de figure qui n'existe pas chez le chinchilla: aucune couleur ne couvre une autre couleur. Elles s'associent entre elles et sont donc toujours codominantes.
• Allèle récessif : allèle qui ne s’exprime (que l’on ne peut voir) que s’il est à l’état homozygote. Si l’animal ne possède qu’un seul allèle récessif il sera alors dit porteur de cet allèle.

Exemples : un "S" croisé avec un "vv" (homozygote donc) donne un "S" porteur "v". Si maintenant on croise un "S" porteur "v" avec un "vv" on a 50% de chance d’obtenir un "vv" et 50% d’obtenir un "S" porteur "v". Avec le croisement de deux "S" porteurs "v" , 50% des petits seront comme leurs parents "S" porteurs "v", 25% seront "vv" et 25% seront des simples "S". Enfin le croisement de deux "vv" donne tous des petits "vv".

• Gènes cumulatifs : plusieurs gènes (avec leurs allèles) ont des effets qui s'additionnent. Leur combinaison accroît la variation des caractères exprimés dans une population ou en renforce l'expression chez des animaux particuliers.

Par exemple en croisant des "E" entre eux, il est possible de sélectionner des animaux de plus en plus foncés jusqu'à obtenir, après plusieurs générations, qu'ils soient complètement noirs (à ce stade ils sont alors homozygotes pour les gènes en jeu).

• Facteur létal : certains allèles, codominants dans notre cas, ne peuvent exister que sous la forme hétérozygote car, sous forme homozygote, les individus ne sont pas viables.

Ainsi, si l'on croise deux animaux possédant chacun un allèle "TOV" ou "W", les petits qui auraient hérité des deux allèles "TOV" ou "W" respectivement de chacun de leurs parents meurent: soit à l'état fœtal, soit au moment de la naissance.

De plus, l'avortement d'un fœtus qui ne serait pas expulsé par la mère peut provoquer une infection de la matrice (métrite) qui entraînerait la perte de la mère. En résumé, il ne faut en aucun cas croiser deux chinchillas ayant chacun un gène "TOV" (c'est-à-dire black velvet, brown velvet, tov white, sapphire velvet, violet velvet,...) ou un gène "W" (c'est-à-dire white whilson, argenté, mosaïque, tov white, pink white,...).